沖縄文化研究所は、琉球・沖縄に関する総合的な研究に取り組み、社会に開かれた研究機関として以下のような活動を行っている。
紀要『沖縄文化研究』(沖縄・奄美地域に関する調査、研究論文掲載)、『琉球の方言』(沖縄・奄美地域の方言研究に関する論文、調査収集した言語データを収録)、『沖縄研究資料』(主に研究所所蔵資料の翻刻、解説など基礎資料の活字化)、『沖縄文化研究所所報』(研究所員及び研究員の研究紹介、書評、沖縄研究関連新聞記事リストを収録)
総合講座「沖縄を考える」の開講(法政大学在校生、一般聴講者対象)
沖縄に関するシンポジウム、公開講演会など、近年では「国際シンポジウム 日本にとって沖縄とは何か―沖縄史の三つの転換点を再考する(琉球薩摩入り・進貢400年、琉球処分130年、沖縄復帰)」(2009)、「普天間・いま日本の選択を考える―日米安保と環境の視点から」(2010)、「沖縄本土<復帰>40周年記念シンポジウム<復帰>40年、これからの40年」(2012)、「東アジアの平和をどう築いていくか―日本、中国、米国、そして沖縄から戦後70年を問い直す―」(2015)、「東京・結・琉球フォーラム―知らない 知りたい沖縄―」(2017)などを開催した。
閲覧室を常設し、沖縄に関する図書・雑誌等の一般利用が可能となっている。また、既に所蔵している貴重文献・資料のほか、沖縄関係の重要資料の収集・整理に努め、広く利用者に提供している。