沖縄文化研究所は、琉球・沖縄に関する総合的な研究に取り組み、社会に開かれた研究機関として以下のような活動を行っている。
紀要『沖縄文化研究』(沖縄・奄美地域に関する調査、研究論文掲載)、『琉球の方言』(沖縄・奄美地域の方言研究に関する論文、調査収集した言語データを収録)、『沖縄研究資料』(主に研究所所蔵資料の翻刻、解説など基礎資料の活字化)、『沖縄文化研究所所報』(研究所員及び研究員の研究紹介、書評、沖縄研究関連新聞記事リストを収録)
総合講座「沖縄を考える」の開講(法政大学在校生、一般聴講者対象)
沖縄に関するシンポジウム、公開講演会などを開催。
「国際シンポジウム 日本にとって沖縄とは何か―沖縄史の三つの転換点を再考する(琉球薩摩入り・進貢400年、琉球処分130年、沖縄復帰)」(2009)
「普天間・いま日本の選択を考える―日米安保と環境の視点から」(2010)
「沖縄本土<復帰>40周年記念シンポジウム<復帰>40年、これからの40年」(2012)
「東アジアの平和をどう築いていくか―日本、中国、米国、そして沖縄から戦後70年を問い直す―」(2015)
「東京・結・琉球フォーラム―知らない 知りたい沖縄―」(2017)
「新崎盛暉さんの業績を振り返り引き継ぐ会」(2019)
「島津重豪の時代と琉球」(2020)
「グスクとしての首里城-東アジアの視点から-」(2020)
「占領下沖縄における学校教育の成立(1945-1949)」(2021)
「上代東国方言と琉球の古典語」(2021)
「近現代沖縄の政治史-主席公選問題からのアプローチ-」(2021)
「写真展「よみがえる宮古島の祭祀―池間・佐良浜の神願い」の関連講座(2022)
「沖縄文化研究所創立50周年記念シンポジウム『いま沖縄を語る言葉はどこにあるかー復帰50年目のジャーナリストたちの挑戦ー』(2022)
「写真展『ナナムイの神々を抱いて-宮古 池間と佐良浜の祭祀-』」(2023)
閲覧室を常設し、沖縄に関する図書・雑誌等の一般利用が可能となっている。また、既に所蔵している貴重文献・資料のほか、沖縄関係の重要資料の収集・整理に努め、広く利用者に提供している。