국제일본학연구소는 문부과학성 고도화 추진 사업 <학술 프론티어> 및 「21세기 COE프로그램」에 본교의 「일본 발신의 국제일본학 구축」이 채택된 것을 받아들여 2002년에 설립되었습니다. 그 이후, 노가미 기념 노가쿠연구소나 오키나와 문화연구소와 연계하고 국제일본학 연구센터의 통괄 하에 21세기 COE프로그램 사업을 정력적으로 추진해 왔습니다.
현재는 「이문화 연구로서의 일본학」을 프로젝트 테마로 하여 일본문화를 이문화로서 다시 포착하는 작업을 통하여 「국제일본학」 구축을 목표로 하고 있습니다. 테마 프로젝트를 「이문화 연구로서의 일본학」, 「이문화로서의 일본」, 「일본 속의 이문화」, 「전자도서관의 구축」 4개 서브 프로젝트로 나누어 연구를 진행시키고 있고 전자도서관 시스템에서는 귀중한 자료, 문헌의 전자화를 도모하고 있습니다.
또한, 국제 심포지엄이나 연구 집회 등을 통하여 외국인 연구자와 함께 연구 활동을 전개하고 그 성과를 『연보』를 비롯한 각종 출판물을 통하여 공개하고 있습니다. 나아가 정보의 교환, 학문적인 대화를 위하여 내외 연구 기관•연구자와의 교류•연계의 네트워크 형성에도 주력하고 있습니다.