本校的「構築日本發信的國際日本學」受到文部科學省高度化推展事業＜學術新領域＞，以及21世紀COE計畫採用，為此於2002年設立國際日本學研究所。其後，與野上紀念能樂研究所及沖繩文化研究所合作、在國際日本學研究中心的統括下，積極推展21世紀COE計畫事業。
目前，以「以異文化研究的日本學」為研究主題，透過將日本文化視為異文化的再認識過程，以構築「國際日本學」為目標。將研究主題分為「做為異文化研究的日本學」、「做為異文化的日本」、「日本國內的異文化」、「構築電子圖書館」的4個副研究進行研究，希望在電子圖書館系統中達到將貴重的資料及文獻系統化的目標。
同時透過國際專題討論會及研究集會，與國外研究者一同開展研究活動，其結果在以「年報」為首的各種出版物公開。同時為了交換研究資訊及學術性對話，對與國內外研究機關和研究者的交流與合作網的形成也傾注了力量。